重要なことはここに書かれているので補足をつらつらと書いていきます
https://docs.unity3d.com/Manual/CustomPackages.html
C＃スクリプト（.cs）はAssembly Definition Filesがないと読み込まれない
.asmdefがないとcan not be loadedとなります。作り忘れないようにしましょう。
MyCompany.MyFeature.Runtime.asmdefとかと書くのがよさそうです
（Assembly Definition Filesについては↓
http://tsubakit1.hateblo.jp/entry/2018/01/18/212834
ssh接続にすればプライベートリポジトリでもPackageにできる
ssh接続にすればgithubのプライベートリポジトリでもPackageにできるようです。
注意点としては、パスの通ってるGitクライアントからgithubへssh接続できるようにしておかなければいけないということです。SourceTreeなどのGUIクライアントを利用していて、なおかつパスを通してるGitが別にある方は注意